Nacido y criado en Buenos Aires, de padres paraguayos. Juan Manuel Iturbe se formó en Sportivo Pereyra de Barracas de Buenos Aires, luego retornó a Paraguay y se fue a Cerro Porteño donde hizo las inferiores y debutó en el fútbol paraguayo.
En fines de diciembre de 2012, tras ser convocado al seleccionado argentino Sub-20, manifestó que no quería regresar al club luso dueño de su pase debido a que sólo había disputado diez partidos en total en dos temporadas. Por lo tanto comunicó su deseo de emigrar para tener más continuidad, a lo que el técnico del Porto en ese entonces Vitor Pereira, no se opuso.